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王灵芳生于1918年的江苏南通。1937年考入国立浙江大学农学院农化系，1941年于贵州湄潭毕业。王灵芳亲历浙大西迁。1937年9月随同1937级新生迁至西天目禅源寺；1937年12月随浙大撤离建德向江西吉安搬迁，并会同两名女同学和三名男同学负责押运一批教学仪器和学生的行李；1938年2月，跟随浙大师生迁移到江西泰和，在紧张的学习之余，在艰苦的生活之中，王灵芳还参加浙大“呐喊”歌咏队宣传抗日；1938年10月，王灵芳随同老师和同学背着行李经过40多天的艰难跋涉，到达了广西宜山，经历过日本轰炸；1940年1月，浙大再次打起行装继续往贵州搬迁，王灵芳与同学们在遵义度过1940年的新年；1940年冬，王灵芳随浙大农学院迁到湄潭，直至1941年从国立浙江大学毕业；
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新中国成立之后，王灵芳得到了报效祖国的机会。于1950年参加了中南农林部农业技术人员培训3个月后，分配到中南农林部负责土壤肥料工作；1954年，王灵芳被调到华中农业科学研究所，即后来的湖北省农业科学研究院，担任土壤肥料系秘书。作为助理研究员的王灵芳和同事一道研究红花苜宿——一种草本豆科固氮植物，达到了当时世界先进水平；
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1957年，王灵芳被打成“右派”，下放到湖北“五三”农场等地接受改造。1961年，王灵芳恢复工作回到湖北省农科院，并于1963年摘除“右派”帽子；1975年退休。
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王灵芳曾在1986、1990、1997、1998年多次向母校捐资，2013年8月31日再次向浙江大学捐资10万元，用于奖励优秀的学弟学妹。