黄枯桐谱名黄植荪，堂兄弟中排行第四，是其父亲的嫡长子。他14岁留学日本，先入成城学校，后考入日本东京帝国大学学习农林专业。从他的专业选择可以看出，黄枯桐更想在学术领域闯出一片天地。所以1920年左右，当中国兴起赴法勤工俭学的风气时，黄枯桐这位已成家的“海归”再次动了留学的念头，赴法国里昂大学攻渎经济学。
1924年从法国回国的黄枯桐回到广州，在广东高等师范学校任教之余，应彭湃的推荐到广州农民运动讲习所上课。
大革命失败后，黄枯桐因在农讲所讲学的经历，被迫携家人往上海躲避风头，同时在浙江大学任教，继续他的学术和教育生涯，数年以后才回到广州的中山大学担任农学院院长。
在新中国成立后的“反右”运动中，黄枯桐被定为大右派，人身自由受到限制，黄枯桐被遣送回家乡梅县的椿荫堂，由堂侄们看顾，执拗的黄枯桐住在椿荫堂的阁楼足不履地。一次省文史馆馆长侯过悄悄来看望他，侯过是他日本留学时的同学、老同盟会员，黄枯桐高兴地嚷着侯过的字号：“子约，子约。”依然不肯下楼。
1963年，在没有至亲陪伴的情况下，黄枯桐孤独地离世。